Yayoi Toda startte met viool als kleuter van 4. Na haar studies aan de Toho Gakuen School, vervolmaakte ze zich in Amsterdam aan de Sweelinck Academie. Ze studeerde ondermeer bij Toshiya Eto, Herman Krebbers en Charles-André Linale. Haar overwinning in 1993 op de Koningin Elisabethwedstrijd leidde haar naar de internationale muziekpodia. In 1996 ontving Yayoi Toda de Dorothy DeLay Scholarship, waarna ze debuteerde in New York.

Ze concerteerde met orkesten als het London Philharmonic Orchestra, New York Chamber Orchestra, de Filharmonie van Moskou, het orkest van de Beethovenhalle, de Filharmonie van Helsinki, de Singapore Symphony, Residentie Orkest, Academy of St Martin-in-the-Fields, Deutsche Kammerphilharmonie Bremen en veel van Japans meest vooraanstaande ensembles. Ze werkte hiervoor samen met artiesten als Seiji Ozawa, Yuri Simonov, Jean Fournet, Gary Bertini, Kenichiro Kobayashi, Stanislav Bunin, Peter Eötvös, Shlomo Mintz, Jean-Jacques Kantorow en Alexander Schneider. In recital treedt ze ondermeer op met pianisten als Frank Braley en Abdel Rahman El Bacha.

Bij het Japanse label Ongaku-no-Tomo maakte ze opnames met de werken voor viool solo van Enescu en Bach.

Yayoi Toda bespeelt de “Pietro Guarneri (1740)” viool.