Jean-Claude Vanden Eynden begon op 12-jarige leeftijd aan het Conservatoire Royal de musique de Bruxelles, waar hij studeerde bij Eduardo Del Pueyo tot het einde van zijn opleiding aan de Muziekkapel Koningin Elisabeth. Hij was amper 16 jaar oud toen hij in 1964 werd uitgeroepen tot laureaat van de Koningin Elisabethwedstrijd. Hij trad op met talloze symfonieorkesten, waaronder het Sint-Petersburgs Filharmonisch Orkest, Royal Philharmonic Orchestra in Londen, Residentie Orkest in Den Haag en verscheidene Belgische orkesten. Hij werkte samen met dirigenten als Paul Kletzky, Rudolf Barshai en Yuri Temirkanov. Op kamermuziekgebied speelde hij met vooraanstaande Belgische en internationale partners zoals Véronique Bogaerts, Marie Hallynck, Augustin Dumay, Silvia Marcovici, Mihaela Martin, Miriam Fried, Gérard Caussé, Frans Helmerson, Michel Strauss, José Van Dam, Walter Boeykens, het Quatuor Enesco, het Melos Quartett, het Quatuor Ysaÿe en het Ensemble César Franck. Momenteel is hij ereprofessor aan het Conservatoire de Bruxelles, Master in Residence aan de Muziekkapel Koningin Elisabeth en artistiek directeur van het Eduardo Del Pueyo Muziekcentrum.